Stoya
Probablemente la relación más exitosa (aunque también la más breve) del músico. Marilyn Manson comenzó a salir con Stoya, actriz porno y escritora, durante el 2009, durante "el descanso" que el y Evan Rachel Wood se tomaron. Finalmente este affaire llegó a su fin porque Manson seguía enamorado de la actriz, con quien volvió tiempo después.
Stoya declaró que lo suyo con el cantante era simplemente amistad y sexo, no una relación en sí, pues ambos apenas se veían o hablaban. Aun así, los dos han seguido siendo amigos a lo largo de los años.
Evan Rachel Wood
Probablemente una de sus relaciones más polémicas. En enero de 2007, poco después de acabar su relación con Dita Von Teese, Marilyn Manson y Evan Rachel Wood comenzaron a salir juntos. La actriz (que por aquel entonces solo tenía 19 años) era de las mujeres más despampanantes de Hollywood cuando comenzó su relación con el cantante, pero Evan, se dedicó casi por completo al papel de mujer de Manson, dejando en un segundo plano su carrera profesional.
El único que en esa época le dio trabajo fue su chico y ambos interpretaron un videoclip muy polémico (el de la canción Heart-Shaped Glasses) en el que ambos aparecían cubiertos de sangre mientras mantenían sexo. Todo parecía ir rodado hasta que en 2009 decidieron separarse, para volver juntos un año después, cuando Manson le pidió matrimonio durante uno de sus conciertos. Sin embargo, pocos meses más tarde, la actriz se arrepintió y anunció el fin de su compromiso y de su relación.